BBMRI.at & COVID-19

COVID-19, verursacht durch das Coronavirus SARS-CoV-2, stellt eine große Herausforderung für unsere Gesundheits- und Wirtschaftssysteme dar. Die Situation und die Arbeitsbedingungen sind vielerorts schwierig und die direkte Patientenversorgung hat höchste Priorität.

Die Medizinischen Universitäten in Österreich, allesamt BBMRI.at-Partner, leisten großartige Arbeit in der Diagnostik, Betreuung und Behandlung der Patienten. Darüber hinaus bemühen sie sich in der Forschung, neue Wege für den Umgang mit COVID-19 zu finden. Biobanken können Forscherinnen und Forscher unterstützen und ihnen wichtige Dienstleistungen anbieten, wie z.B.:

Effiziente und hochwertige Lagerung von Proben in klinischen und Forschungseinrichtungen;
Proben von gesunden Personen, die als Kontrolle verwendet werden können (2-3 Monate vor Ausbruch der Krankheit im jeweiligen Land gesammelt);
Bereitstellung von Leitlinien und Standards für die gezielte Identifizierung, Sammlung und Aufbewahrung wichtiger Proben.

BBMRI-ERIC Verzeichnis nach COVID-19 Probensammlungen durchsuchen

COVID-19-bezogene Aktivitäten von BBMRI.at-Partner-Biobanken

Med Uni Graz (Institut für Pathologie und Biobank Graz)

Verfügbare Ressourcen:

Österreichs höchstes Biosicherheitslabor und Obduktionsbereich (BSL-3)
Zugang zu Patientenproben
Isolierung von Erregern aus Autopsiefällen (BSL-3)
SARS-CoV-2-Virus-Kulturen (BSL-3)
Sequenzcharakterisierte SARS-CoV-2 Varianten, isoliert von österreichischen Patient*innen
Isolierte SARS-CoV-2-Proteine aus verschiedenen Virusvarianten
Isolierte SARS-CoV-2 RNA, quantifiziert durch digitale PCR
Testung von Inhibitoren
Unterstützung bei der Entwicklung von diagnostischen Assays

Kontakt: [email protected]

COVID-19-Rekonvaleszenten-Kohorte (Speichel, Serum, Li-Hep Plasma, EDTA Plasma, Na-Citrat Plasma, EDTA buffy coat, nasopharyngeale Abstriche, Symptomfragebögen; 5 Untersuchungszeitpunkte)
COVID-19-Impfkohorte (Serum, PBMC, Speichel; 5 Untersuchungszeitpunkte; immunkomprimierte und gesunde Patient*innen)

Kontakt: [email protected]

Medienberichte über das BSL-3 Hochsicherheitslabor und Beiträge der Biobank Graz zur COVID-19-Forschung an der Med Uni Graz

Servus TV Bericht (PM Wissen): „Wie könnten Medikamente gegen Corona helfen?“
ORF Bericht: „COVID-19 Genesenenstudie zeigt Antikörper nach acht Monaten im Blut“
RTL TV Bericht: „Anti-Corona-Nasenspray mit Bananenprotein“
Servus TV Bericht: „Corona – auf der Suche nach der Wahrheit“
ORF Bericht: „Tablette gegen COVID-19-Übertragung“ an Grazer Universitäten
ORF Steiermark: „Grazer Speziallabor im Einsatz gegen COVID-19“
Kleine Zeitung: „Med Uni Graz – Speziallabor für hochinfektiöses Material in Graz“

Med Uni Wien (MedUni Wien Biobank)

Verfügbare Ressourcen:

Serumproben, die vor dem Ausbruch von SARS-CoV-2 entnommen wurden (zur Validierung serologischer Tests (IgG, IgM), da diese Proben definitiv frei von Antikörpern gegen das Virus sein sollten);
Proben von Patient*innen mit COVID-19, die im klinischen Umfeld gesammelt wurden, sind derzeit in Planung.
Proben aus bevölkerungsbasierten Kohorten, die nach dem Ausbruch von SARS-CoV-2 gesammelt wurden (z. B. im Rahmen von prophylaktischen Gesundheitsuntersuchungen, Besuchen in der Notaufnahme/Primärversorgung usw.), die zur Schätzung der tatsächlichen Seroprävalenz des Virus in den verschiedenen Gebieten beitragen könnten: COVID-19-Rekonvaleszentenkohorte und COVID-19-Impfkohorte

Kontakt: [email protected]

Medienberichte:

ORF Bericht: „Suche nach Teilnehmern für CoV „Booster“-Studie“ mit Beteiligung von MUW Biobank
Preis für COVID-19 Forschungsprojekt mit Beteiligung der MedUni Wien Biobank
ORF TV-Bericht: „Zweite Imfpung unnötig für COVID-19-Genesene“

Med Uni Innsbruck (Biobank Innsbruck)

Verfügbare Ressourcen:

Proben von Patient*innen mit COVID-19, die im klinischen Umfeld in der Region Tirol (COVID-19-Hotspot in Österreich) gesammelt und mit klinischen Daten verknüpft wurden.

Kontakt: [email protected]; [email protected]

Standards und Vorgaben für den Umgang mit Proben, die SARS-CoV-2 enthalten

BBMRI.at-Experten haben an der Entwicklung einer ISO-Norm für COVID-Tests mitgewirkt, die zur Verbesserung der Testverfahren und zu einer sichereren Welt beitragen wird.
ISO/TS 5798 enthält Empfehlungen für die Konzeption, Entwicklung, Verifizierung, Validierung und Durchführung von analytischen Tests zum Nachweis von SARS-CoV-2 mittels Nukleinsäureamplifikation.

ISO/TS 5798:2022, Testsysteme für In-vitro-Diagnostik — Anforderungen und Empfehlungen für den Nachweis von SARS-CoV-2 mithilfe von Nukleinsäureamplifikation

Verfügbar bei Austrian Standards (Deutsch) und ISO (Englisch)

WHO Leitlinien für die biologische Sicherheit im Labor in Zusammenhang mit dem neuen Coronavirus – Vorübergehende Leitlinie (12 Feb 2020, auf Englisch)

Biosicherheitsrichtlinien für Laboratorien zur Handhabung und Verabeitung von mit COVID-19 assoziierten Proben – Vorübergehende Leitlinie (31 März 2020, auf Englisch)

Umgang mit von COVID-19 kontaminiertem Müll: Leitlinien vom Österreichischen Bundesministerium für Klimaschutz, Umwelt, Energie, Mobilität, Innovation und Technologie

Lokale Richtlinien – Beispiele

Österreich, Steiermark: „Steirischer Seuchenplan“ – Obduktionen müssen in BSL-3-Laboren durchgeführt werden

Präanalytische Prozesse und COVID-19

Präsentation von BBMRI.at QM-Experte Helmuth Haslacher (MedUni Wien Biobank)

Wie Biobanken mit SARS-CoV-2 umgehen könnten (Englisch)

Ausgewählte Publikationen – Beispiele

Biospecimens containing SARS-Cov-2:

Heather A. Lankes, and Hala Makhlou (2020): Biospecimen Collection During the COVID-19 Pandemic Considerations for Biobanking, Am J Clin Pathol 2020;XX:1–0, DOI: 10.1093/AJCP/AQAA171

Key points:

Current data suggest the earliest cases in the COVID-19 pandemic may have been as early as October 2019.

Millions of biospecimens have been and will be collected from known and suspected cases, as well as asymptomatic and presymptomatic individuals for various purposes.

Biosafety considerations intended to complement evolving CDC and WHO guidelines are presented.

Wenling Wang (11 March 2020): Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens, JAMA. 2020;323(18):1843–1844, DOI: 10.1001/jama.2020.3786

Key points:

PCR test on specimens from COVID-19 patients with fever, dry cough, and fatigue revealed that the virus was present in the following specimens;

– Highest rates: in bronchoalveolar lavage fluid (14 positive results of 15 samples; 93%),

– followed by sputum (72 of 104; 72%),

– nasal swabs (5 of 8; 63%),

– fibrobronchoscope brush biopsy (6 of 13; 46%),

– pharyngeal swabs (126 of 398; 32%),

– and feces (44 of 153; 29%).

– Lower positive rates were found in and blood (3 of 307; 1%).

– None in urine (0 of 72; 0%).

Anthony F. Henwood (2020): Coronavirus disinfection in histopathology, Journal of Histotechnology, DOI: 10.1080/01478885.2020.1734718

This technical note presents disinfection procedures and histotechnology processes for corona virus containing specimens and using data obtained from similar coronaviruses, e.g. severe acute respiratory syndrome (SARS) and Middle East respiratory syndrome (MERS).

Darnell ME et al. (2004): Inactivation of the coronavirus that induces severe acute respiratory syndrome, SARS-CoV. J Virol Methods. 2004 Oct 1;121(1):85–91, DOI: 10.1016/j.jviromet.2004.06.006

In older studies on SARS-CoV viruses, it was determined that formalin and glutaraldehyde inactivated SARS-CoV in a temperature- and time-dependent manner. Formalin fixation performed at 37°C or room temperature, „significantly decreased the infectivity of the virus on day 1, while glutaraldehyde inactivated SARS-CoV after incubations of 1–2 days.

Duan et al. (2003): Stability of SARS coronavirus in human specimens and environment and its sensitivity to heating and UV irradiation. Biomed Environ Sci. 2003 Sep;16(3):246–255.

The authors found that several coronaviruses were made non-infectious after the following exposure times and temperatures: 90 min at 56°C, 60 min at 67°C, and 30 min at 75°C. Paraffin infiltration in most histopathology laboratories uses a temperature of 60–65°C for 2 h or more. It is, therefore, appropriate to consider that the formalin-fixed paraffin-embedded tissue block would have a low risk of coronavirus infectivity.

Covid-19 tests:

Sheridan C. et al.: Fast, portable tests come online to curb coronavirus pandemic. Nat Biotechnol. 2020 Mar 23, DOI: 10.1038/d41587-020-00010-2