BBMRI.at Publikation
CollectionLocator: Zugang zu Biobank-Daten für fortgeschrittene medizinische Forschung
Forscher*innen des BBMRI.at-Partners haben ein innovatives Tool namens CollectionLocator entwickelt, um die FAIR-Konformität von Biobank-Daten zu verbessern und ihre Nutzung für Forschung und medizinische Studien zu erleichtern. Dieses Tool soll Forschern dabei helfen, die geeignetste Biobank und Sammlung zu finden, die die für ein bestimmtes Forschungsprojekt benötigten biologischen Proben und die zugehörigen Daten enthalten kann, selbst wenn detaillierte Probendaten aufgrund von Datenschutzbedenken eingeschränkt sind.
Biobanken sind wesentliche Ressourcen für die medizinische Forschung, da sie biologisches Material und damit verbundene Daten sammeln und für Forschungsprojekte und medizinische Studien zur Verfügung stellen. Ein häufiges Problem bei der Forschung mit Biobank -Daten ist die Schwierigkeit, relevante Sammlungen zu finden, die den Anforderungen eines Forschungsprojekts entsprechen. Eine kürzlich durchgeführte Umfrage ergab, dass 60 % der Forscher den Umfang ihrer Forschung einschränken mussten, weil sie Schwierigkeiten hatten, relevante Daten aus Biobanken zu erhalten.
Darüber hinaus müssen Biobank-Daten bestimmte Kriterien erfüllen, die sich als Übereinstimmung mit den FAIR-Prinzipien (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable/ bzw. Auffindbar, Zugänglich, Interoperabel und Wiederverwendbar) formulieren lassen. Genau hier erweist sich der CollectionLocator als hilfreich.
Der CollectionLocator, der als Prototyp von Forscher*innen der BBMRI.at-Partner Alpen-Adria-Universität Klagenfurt und Medizinische Universität Innsbruck entwickelt wurde, basiert auf einem ontologiebasierten Metadatenmodell, um der enormen Heterogenität der Biobank-Daten Rechnung zu tragen und sowohl die Privatsphäre der Spender*innen als auch die Datenqualität zu gewährleisten. Über eine benutzerfreundliche Suchoberfläche können Forscher*innen nach Sammlungen suchen, die ihre Kriterien hinsichtlich Inhalt und Qualität der Daten erfüllen.
Außerdem stellt der CollectionLocator die Daten- und Metadatenqualität der Datensammlungen dar, sodass die Qualitätsanforderungen der anfragenden Person mit den Qualitätsanforderungen der verfügbaren Daten abgeglichen werden können. Eine Proof-of-Concept-Implementierung demonstriert die Effektivität des Tools bei der Überwindung bestehender Ineffizienzen.
Das Tool zielt darauf ab, die Reproduzierbarkeit von Forschungsergebnissen zu unterstützen und den Zugriff auf qualitativ hochwertige Daten zu erleichtern, indem Metadaten aus verschiedenen Biobanken in eine zentrale Sammlung integriert werden. Der CollectionLocator trägt somit zu einer verbesserten Nachvollziehbarkeit und Wiederverwendbarkeit von Biobank-Daten bei, insbesondere in Fällen, in denen die vollständigen Daten aufgrund von Datenschutzbestimmungen nicht direkt zugänglich sind. So maximiert er die Nutzung vorhandener Datenressourcen bei gleichzeitiger Gewährleistung der FAIR-Konformität und des Datenschutzes.
Shekhovtsov, V.A.; Slajcho, B.; Sacherer, A.; Eder, J. CollectionLocator Level 1: Metadata-Based Search for Collections in Federated Biobanks CORNELL UNIVERSITY, 2024. doi: 10.48550/arXiv.2408.16422
